Pode, licenciando inicialmente a atividade que vai começar e ampliando depois. Cada ampliação, porém, é uma alteração: de atividade, de equipamentos ou de estrutura física, com procedimento próprio.
Planejar o crescimento já no primeiro projeto costuma sair mais barato do que reprojetar — especialmente quando a ampliação mexe em instalações hidráulicas.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 1, de 5 de janeiro de 2024 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Disciplina, no âmbito do Sistema Estadual de Vigilância Sanitária (Sevisa), o licenciamento sanitário dos estabelecimentos de interesse da saúde e das fontes de radiação ionizante. Texto atualizado integralmente em 17/09/2024. Anexo I: atividades e classificação de risco; Anexo IV: relação de documentos.
Consultar no site oficial -
Portaria CVS nº 10, de 5 de agosto de 2017 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Define diretrizes, critérios e procedimentos para a avaliação físico-funcional de projetos de edificação de atividades de interesse da saúde e para a emissão do Laudo Técnico de Avaliação (LTA); o Anexo 2 é o formulário de solicitação.
Consultar no site oficial
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.