A regra é a da RDC 15/2012: produto crítico deve ser esterilizado; semicrítico, receber ao menos desinfecção de alto nível; não crítico, ao menos limpeza. O que define é o contato com o paciente.
Em fisioterapia, a maior parte do material é não crítico, mas agulhas e itens que rompem barreira exigem tratamento adequado — ou uso descartável.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 15, de 15 de março de 2012 — Anvisa.
Dispõe sobre requisitos de boas práticas para o processamento de produtos para saúde (limpeza, desinfecção e esterilização).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.