Em geral: autorização aplicável (AE, quando exigida), escrituração da movimentação, notas fiscais de entrada, registros de dispensação ou uso, comprovantes de descarte e inutilização, e o controle de acesso ao local de guarda.
Tenha tudo organizado por período: a solicitação costuma ser por intervalo de datas.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria SVS/MS nº 344, de 12 de maio de 1998 — Ministério da Saúde / Anvisa.
Aprova o regulamento técnico sobre substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial; as listas do Anexo I são atualizadas periodicamente pela Anvisa.
Consultar no site oficial -
RDC Anvisa nº 16, de 1º de abril de 2014 — Anvisa.
Critérios para peticionamento de Autorização de Funcionamento (AFE) e Autorização Especial (AE) de empresas.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.