Importa. A qualidade da água influencia o desempenho do equipamento e a qualidade do vapor, com impacto direto no processo de esterilização e na vida útil do instrumental.
Siga a especificação do fabricante do equipamento e registre a rotina adotada. O processamento de produtos para saúde é regido pela RDC 15/2012.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 15, de 15 de março de 2012 — Anvisa.
Dispõe sobre requisitos de boas práticas para o processamento de produtos para saúde (limpeza, desinfecção e esterilização).
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.