Pelo próprio processo de manutenção do cadastro, que é eletrônico e de responsabilidade do estabelecimento, com validação do gestor municipal.
Correções de enquadramento — tipo de estabelecimento, classificações de serviço — merecem atenção especial, porque é o enquadramento que determina o que o sistema permite depois. Vale conferir antes de simplesmente "arrumar".
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria de Consolidação nº 1, de 28 de setembro de 2017 — Ministério da Saúde.
Consolida as normas sobre os direitos e deveres dos usuários da saúde, a organização e o funcionamento do SUS; o art. 364 atribui a cada estabelecimento a responsabilidade pelo cadastro e pela manutenção dos dados no CNES.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.