Depende da atividade. Em consultórios de menor complexidade, o uso de sanitário de pavimento pode ser aceito, desde que declarado no projeto e atendendo à acessibilidade.
Atividades que exigem preparo do paciente ou coleta tendem a demandar sanitário próprio. O programa de ambientes vem da RDC 50/2002.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 50, de 21 de fevereiro de 2002 — Anvisa.
Regulamento técnico para planejamento, programação, elaboração e avaliação de projetos físicos de estabelecimentos assistenciais de saúde.
Consultar no site oficial -
Lei federal nº 13.146, de 6 de julho de 2015 — Congresso Nacional.
Lei Brasileira de Inclusão da Pessoa com Deficiência (Estatuto da Pessoa com Deficiência); trata da acessibilidade em edificações de uso coletivo.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.