Limpeza remove sujidade e matéria orgânica. Desinfecção elimina microrganismos em determinado nível, sem necessariamente eliminar esporos. Esterilização elimina todas as formas de vida microbiana, incluindo esporos.
A limpeza é sempre a primeira etapa: sem ela, desinfecção e esterilização não funcionam, porque a matéria orgânica protege os microrganismos.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 15, de 15 de março de 2012 — Anvisa.
Dispõe sobre requisitos de boas práticas para o processamento de produtos para saúde (limpeza, desinfecção e esterilização).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.