A frequência é definida no procedimento do serviço, conforme o tipo de ambiente e o risco: áreas de procedimento exigem limpeza entre pacientes; áreas comuns, rotina diária; e limpeza terminal em periodicidade definida.
O que a fiscalização verifica é a existência do procedimento, a coerência com a prática e os registros.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 63, de 25 de novembro de 2011 — Anvisa.
Dispõe sobre os requisitos de boas práticas de funcionamento para os serviços de saúde.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.