Não há linha específica de regularização sanitária. O que existe são linhas gerais de crédito para investimento e capital de giro, oferecidas por instituições financeiras a micro e pequenas empresas.
A conversa com o banco fica mais fácil com o projeto e o orçamento em mãos — porque aí o investimento tem escopo definido.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei Complementar federal nº 123, de 14 de dezembro de 2006 — Congresso Nacional.
Estatuto Nacional da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte; o art. 55 trata dos critérios de fiscalização e licenciamento.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.