Aumenta. A Lei 6.437/1977 estabelece que as multas previstas são aplicadas em dobro em caso de reincidência.
Além disso, a reincidência costuma pesar como circunstância agravante na classificação da gravidade da infração — o que pode elevar a faixa da multa antes mesmo da duplicação.
Fontes oficiais desta resposta
-
Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
Consultar no site oficial
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.