As condições de pagamento, eventual desconto e parcelamento seguem a legislação do ente que aplicou a penalidade — federal, estadual ou municipal.
Além disso, a Lei 6.437/1977 passou a admitir a celebração de termo de compromisso com os infratores, na forma de regulamento, o que abre caminho para soluções negociadas em determinadas situações.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.