O cadastro não tem prazo de validade no sentido de vencer, mas exige manutenção em frequência mínima mensal ou imediata quando houver alteração.
Na prática, um CNES parado há meses funciona como um cadastro vencido: gera glosa, trava habilitação e aparece como inconsistência.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria de Consolidação nº 1, de 28 de setembro de 2017 — Ministério da Saúde.
Consolida as normas sobre os direitos e deveres dos usuários da saúde, a organização e o funcionamento do SUS; o art. 364 atribui a cada estabelecimento a responsabilidade pelo cadastro e pela manutenção dos dados no CNES.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.