Separar imediatamente do estoque em uso, identificar e destinar conforme a classificação da RDC 222/2018, com registro da baixa.
Vacina vencida encontrada junto com a em uso é achado grave em inspeção, porque indica falha no controle de validade.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 222, de 28 de março de 2018 — Anvisa.
Regulamenta as boas práticas de gerenciamento dos resíduos de serviços de saúde (RSS) e a obrigatoriedade do PGRSS.
Consultar no site oficial -
RDC Anvisa nº 63, de 25 de novembro de 2011 — Anvisa.
Dispõe sobre os requisitos de boas práticas de funcionamento para os serviços de saúde.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.