Pode. A Lei 13.787/2018 dispõe sobre a digitalização e a guarda de prontuários em meio eletrônico, e a Resolução CFM 1.821/2007 trata das normas técnicas para sistemas informatizados de guarda e manuseio desses documentos.
O sistema precisa garantir autenticidade, integridade e rastreabilidade.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 13.787, de 27 de dezembro de 2018 — Congresso Nacional.
Dispõe sobre a digitalização e a utilização de sistemas informatizados para a guarda, o armazenamento e o manuseio de prontuário de paciente.
Consultar no site oficial -
Resolução CFM nº 1.821, de 11 de novembro de 2007 — Conselho Federal de Medicina.
Aprova as normas técnicas concernentes à digitalização e ao uso dos sistemas informatizados para a guarda e o manuseio dos documentos dos prontuários dos pacientes, autorizando a eliminação do papel e a troca de informação identificada em saúde.
Consultar no site oficial
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.