Cada ficha tem o código CNAE, a descrição oficial e, abaixo, as modalidades que aquele código compreende. Para cada modalidade, a tabela informa o nível de risco, os documentos prévios (do projeto) e os documentos exigidos durante a solicitação, todos por código numérico.
No fim da ficha vem o bloco NÃO COMPREENDE, que lista o que fica de fora daquele código e indica o CNAE correto. Esse bloco é ouro: é ele que corrige enquadramento errado.
Os códigos numéricos de documento são decodificados no Anexo IV, Quadros 9 e 10.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 1, de 5 de janeiro de 2024 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Disciplina, no âmbito do Sistema Estadual de Vigilância Sanitária (Sevisa), o licenciamento sanitário dos estabelecimentos de interesse da saúde e das fontes de radiação ionizante. Texto atualizado integralmente em 17/09/2024. Anexo I: atividades e classificação de risco; Anexo IV: relação de documentos.
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.