Além de eventuais honorários jurídicos e técnicos, há o custo da própria penalidade e o de corrigir a irregularidade. E, em caso de interdição, o custo de ficar fechado.
Comparado a isso, manter a regularidade em dia é quase sempre a alternativa mais barata — e muito menos estressante.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.