A altura dos ambientes é um dos parâmetros tratados no regulamento técnico de projetos físicos da RDC 50/2002, e há também exigências do código de obras de cada município.
Na prática, o pé-direito costuma ser um limitador quando se adapta um imóvel com forro rebaixado e instalações aparentes, ou quando o ambiente precisa receber equipamento de grande porte. É item a conferir no levantamento, antes de assinar contrato.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 50, de 21 de fevereiro de 2002 — Anvisa.
Regulamento técnico para planejamento, programação, elaboração e avaliação de projetos físicos de estabelecimentos assistenciais de saúde.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.