É uma das penalidades previstas na Lei 6.437/1977 e pode ser parcial ou total. Na parcial, apenas um setor ou atividade é impedido de funcionar; na total, o estabelecimento inteiro.
A interdição pode ser aplicada como penalidade ao fim do processo ou como medida cautelar, quando houver risco iminente à saúde. Em qualquer caso, é o cenário mais grave para a operação.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.