A licença é solicitada por atividade exercida no local. Se o estabelecimento exerce mais de uma atividade constante do Anexo I, cada uma precisa estar contemplada no licenciamento.
Isso é muito comum: uma clínica que também faz exames de imagem, uma farmácia que também realiza exames de análises clínicas, um consultório que também vende produtos. Exercer atividade listada que não consta do seu licenciamento é irregularidade, mesmo que as outras estejam em ordem.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 1, de 5 de janeiro de 2024 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Disciplina, no âmbito do Sistema Estadual de Vigilância Sanitária (Sevisa), o licenciamento sanitário dos estabelecimentos de interesse da saúde e das fontes de radiação ionizante. Texto atualizado integralmente em 17/09/2024. Anexo I: atividades e classificação de risco; Anexo IV: relação de documentos.
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.