Comunicar imediatamente à autoridade sanitária competente, com registro de ocorrência policial, e documentar a baixa no estoque com a justificativa.
A rastreabilidade do estoque é justamente o que permite identificar a perda e demonstrar que houve comunicação tempestiva.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria SVS/MS nº 344, de 12 de maio de 1998 — Ministério da Saúde / Anvisa.
Aprova o regulamento técnico sobre substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial; as listas do Anexo I são atualizadas periodicamente pela Anvisa.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.