Pelo padrão da RDC 15/2012: instrumental que entra em contato com tecido ou sangue é produto crítico e deve ser esterilizado; o que toca mucosa é semicrítico e exige ao menos desinfecção de alto nível.
Na prática, isso exige expurgo separado da área limpa, fluxo direcionado, monitoramento dos ciclos com indicadores, pacotes identificados com data e validade e armazenamento adequado do material estéril.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 15, de 15 de março de 2012 — Anvisa.
Dispõe sobre requisitos de boas práticas para o processamento de produtos para saúde (limpeza, desinfecção e esterilização).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.