Com os documentos emitidos pela empresa contratada: comprovantes de coleta e documentos de destinação final, além do contrato e das licenças da transportadora e da unidade de tratamento.
Guarde tudo organizado por período. Em fiscalização, a pergunta não é "você contratou?", e sim "mostre o comprovante do mês passado".
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 222, de 28 de março de 2018 — Anvisa.
Regulamenta as boas práticas de gerenciamento dos resíduos de serviços de saúde (RSS) e a obrigatoriedade do PGRSS.
Consultar no site oficial -
Lei federal nº 12.305, de 2 de agosto de 2010 — Congresso Nacional.
Institui a Política Nacional de Resíduos Sólidos, com as regras de responsabilidade do gerador e de destinação final ambientalmente adequada.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.