Primeiro entender o motivo: descumprimento de exigência, divergência entre atividade licenciada e exercida, obra irregular, falta de documento de outro órgão. O ato costuma vir acompanhado de fundamentação e de prazo para defesa ou regularização.
O erro comum é continuar funcionando enquanto se discute. Vale lembrar que, no plano sanitário, o cancelamento do alvará de licenciamento de estabelecimento é uma das penalidades previstas na Lei 6.437/1977.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.