Zoneamento é a divisão do território do município em zonas, cada uma com regras próprias sobre quais atividades são permitidas, em que porte e sob que condições. Ele decorre do plano diretor e da lei de uso e ocupação do solo.
Para clínicas, o zoneamento pode: proibir a atividade em zona estritamente residencial, limitar a área construída, exigir número mínimo de vagas ou restringir o horário de funcionamento. É a primeira coisa a verificar num ponto novo.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei Complementar federal nº 123, de 14 de dezembro de 2006 — Congresso Nacional.
Estatuto Nacional da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte; o art. 55 trata dos critérios de fiscalização e licenciamento.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.