Ventilação natural é solução válida em muitos ambientes, desde que prevista no projeto e compatível com a atividade. Em outros — sala cirúrgica, por exemplo —, ela não é adequada.
Some-se que janela aberta pode conflitar com controle de pragas e com privacidade. A definição vem do projeto físico.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 50, de 21 de fevereiro de 2002 — Anvisa.
Regulamento técnico para planejamento, programação, elaboração e avaliação de projetos físicos de estabelecimentos assistenciais de saúde.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.