A Portaria de Consolidação nº 1/2017 estabelece a obrigatoriedade e atribui a responsabilidade ao estabelecimento, mas o efeito prático da ausência costuma ser operacional: impossibilidade de faturar pelo SUS, obstáculo em credenciamento e em habilitações, e inconsistência apontada em fiscalização.
Além disso, a ausência de cadastro pode ser considerada em conjunto com outras irregularidades numa fiscalização sanitária, cujas penalidades estão na Lei 6.437/1977.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria de Consolidação nº 1, de 28 de setembro de 2017 — Ministério da Saúde.
Consolida as normas sobre os direitos e deveres dos usuários da saúde, a organização e o funcionamento do SUS; o art. 364 atribui a cada estabelecimento a responsabilidade pelo cadastro e pela manutenção dos dados no CNES.
Consultar no site oficial -
Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
Consultar no site oficial
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.