Quando exerce atividade que envolva insumos farmacêuticos, medicamentos e substâncias sujeitas ao controle especial. A AE é o ato da Anvisa que autoriza esse exercício, com requisitos na RDC 16/2014.
Some-se a Portaria SVS/MS 344/1998, que traz as listas de substâncias e as obrigações de guarda e escrituração.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 16, de 1º de abril de 2014 — Anvisa.
Critérios para peticionamento de Autorização de Funcionamento (AFE) e Autorização Especial (AE) de empresas.
Consultar no site oficial -
Portaria SVS/MS nº 344, de 12 de maio de 1998 — Ministério da Saúde / Anvisa.
Aprova o regulamento técnico sobre substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial; as listas do Anexo I são atualizadas periodicamente pela Anvisa.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.