Quatro coisas: anote a data de recebimento e calcule o prazo de defesa; leia com atenção o que exatamente foi apontado e qual dispositivo foi citado; fotografe e documente a situação atual; e comece imediatamente a corrigir o que for corrigível.
Só depois pense na tese de defesa. Prazo perdido não se recupera, e correção feita é o melhor argumento que existe.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.