A Lei federal 6.437/1977 prevê que as infrações sanitárias sejam punidas, alternativa ou cumulativamente, com: advertência; multa; apreensão de produto; inutilização de produto; interdição de produto; suspensão de vendas ou fabricação de produto; cancelamento de registro de produto; interdição parcial ou total do estabelecimento; proibição de propaganda; cancelamento de autorização para funcionamento da empresa; cancelamento do alvará de licenciamento de estabelecimento; intervenção em estabelecimento que receba recursos públicos; imposição de mensagem retificadora; e suspensão de propaganda e publicidade.
Tudo isso sem prejuízo das sanções civis e penais cabíveis.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.