Vários órgãos, cada um na sua competência: o conselho profissional (exercício e ética), a prefeitura (posturas e alvará), o Corpo de Bombeiros (segurança contra incêndio), o órgão ambiental (resíduos e efluentes), a fiscalização do trabalho (NR 32) e, conforme o caso, a Anvisa.
Estar regular em um não significa estar em todos — e cada um pode autuar separadamente.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
Consultar no site oficial -
Norma Regulamentadora nº 32 (NR 32) — Ministério do Trabalho e Emprego.
Segurança e saúde no trabalho em serviços de saúde: riscos biológicos, químicos e radiações ionizantes, e medidas de proteção do trabalhador.
Consultar no site oficial -
RDC Anvisa nº 222, de 28 de março de 2018 — Anvisa.
Regulamenta as boas práticas de gerenciamento dos resíduos de serviços de saúde (RSS) e a obrigatoriedade do PGRSS.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.