Sim, na prática entra. A avaliação físico-funcional analisa o projeto de edificação que abriga atividade de interesse da saúde, e a circulação de pacientes é parte central dessa análise.
Além disso, a acessibilidade costuma ser exigida também pela prefeitura no licenciamento da obra e do funcionamento. Por isso o projeto precisa nascer acessível, e não receber adaptações depois.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 10, de 5 de agosto de 2017 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Define diretrizes, critérios e procedimentos para a avaliação físico-funcional de projetos de edificação de atividades de interesse da saúde e para a emissão do Laudo Técnico de Avaliação (LTA); o Anexo 2 é o formulário de solicitação.
Consultar no site oficial -
Lei federal nº 13.146, de 6 de julho de 2015 — Congresso Nacional.
Lei Brasileira de Inclusão da Pessoa com Deficiência (Estatuto da Pessoa com Deficiência); trata da acessibilidade em edificações de uso coletivo.
Consultar no site oficial -
ABNT NBR 9050 — Acessibilidade a edificações, mobiliário, espaços e equipamentos urbanos — Associação Brasileira de Normas Técnicas.
Norma técnica de acessibilidade referenciada pela legislação; define parâmetros de rota acessível, sanitários, circulação e sinalização.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.