A NBR 9050 trata do mobiliário e dos balcões de atendimento acessíveis, com altura e espaço livre inferior que permitam a aproximação de quem usa cadeira de rodas.
Na prática, a solução usual é ter ao menos um trecho do balcão rebaixado com espaço livre embaixo. Balcão alto contínuo, sem nenhum ponto de atendimento acessível, é apontamento frequente.
Fontes oficiais desta resposta
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ABNT NBR 9050 — Acessibilidade a edificações, mobiliário, espaços e equipamentos urbanos — Associação Brasileira de Normas Técnicas.
Norma técnica de acessibilidade referenciada pela legislação; define parâmetros de rota acessível, sanitários, circulação e sinalização.
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.