Atrapalha de duas formas. A prefeitura pode exigir a regularização da obra antes do alvará de funcionamento, e a divergência entre o imóvel existente e o projeto aprovado gera problema na avaliação físico-funcional.
Além disso, muitos municípios exigem o habite-se ou documento equivalente. Regularizar a obra costuma ser mais demorado do que licenciar a atividade — por isso vale mapear isso logo no início.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 10, de 5 de agosto de 2017 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Define diretrizes, critérios e procedimentos para a avaliação físico-funcional de projetos de edificação de atividades de interesse da saúde e para a emissão do Laudo Técnico de Avaliação (LTA); o Anexo 2 é o formulário de solicitação.
Consultar no site oficial -
Lei Complementar federal nº 123, de 14 de dezembro de 2006 — Congresso Nacional.
Estatuto Nacional da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte; o art. 55 trata dos critérios de fiscalização e licenciamento.
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.