A norma não fixa um número: o equipamento precisa ser compatível com o volume e o tipo de material processado. Serviço que depende de um único equipamento precisa ter plano para a falha dele.
Na prática, clínicas com agenda cheia costumam ter uma autoclave principal e um contrato de apoio com empresa processadora, justamente para não parar o atendimento quando o equipamento sai para manutenção.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 15, de 15 de março de 2012 — Anvisa.
Dispõe sobre requisitos de boas práticas para o processamento de produtos para saúde (limpeza, desinfecção e esterilização).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.