O CNES é obrigatório para os estabelecimentos de saúde do país. O enquadramento de farmácias no cadastro depende da configuração do serviço e da orientação do gestor local, especialmente quando há prestação de serviços farmacêuticos assistenciais.
Confirme com o gestor municipal de saúde a situação aplicável ao seu estabelecimento.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria de Consolidação nº 1, de 28 de setembro de 2017 — Ministério da Saúde.
Consolida as normas sobre os direitos e deveres dos usuários da saúde, a organização e o funcionamento do SUS; o art. 364 atribui a cada estabelecimento a responsabilidade pelo cadastro e pela manutenção dos dados no CNES.
Consultar no site oficial -
Portaria GM/MS nº 1.646, de 2 de outubro de 2015 — Ministério da Saúde.
Institui o Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES).
Consultar no site oficial
Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.