Precisa. O registro da manipulação — com identificação da prescrição, dos insumos e lotes utilizados, de quem manipulou e da conferência — é o que permite rastrear qualquer preparação até a sua origem.
Sem isso, um problema com matéria-prima não pode ser investigado nem comunicado aos pacientes afetados.
Fontes oficiais desta resposta
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RDC Anvisa nº 67, de 8 de outubro de 2007 — Anvisa.
Boas práticas de manipulação de preparações magistrais e oficinais para uso humano em farmácias.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.