Precisa, quando trabalha com substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial. A obrigação decorre da Portaria SVS/MS 344/1998 e envolve o registro sistemático de entradas, saídas, perdas e estoque.
A forma e os prazos de transmissão de informações às autoridades seguem as normas vigentes da Anvisa para estabelecimentos farmacêuticos.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria SVS/MS nº 344, de 12 de maio de 1998 — Ministério da Saúde / Anvisa.
Aprova o regulamento técnico sobre substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial; as listas do Anexo I são atualizadas periodicamente pela Anvisa.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.