Por escrito, dentro do prazo, endereçada à autoridade indicada no auto, enfrentando cada ponto da autuação com fatos e documentos: fotos, notas fiscais, contratos, registros, comprovantes de correção.
Defesa genérica raramente funciona. O que convence é demonstrar que a irregularidade não existiu, que foi corrigida ou que há circunstâncias atenuantes — que, pela Lei 6.437/1977, influenciam diretamente a classificação da gravidade.
Fontes oficiais desta resposta
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Lei federal nº 6.437, de 20 de agosto de 1977 — Congresso Nacional.
Configura infrações à legislação sanitária federal e estabelece as sanções respectivas (advertência, multa, interdição, cancelamento de licença, entre outras).
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.