Há taxas públicas, sim, e elas aparecem na própria lista de documentos exigidos: comprovante de recolhimento da taxa de inspeção sanitária, da taxa de termo de responsabilidade técnica e, quando houver equipamento, da taxa de equipamentos de saúde. Quando há avaliação de projeto, soma-se a taxa do LTA.
No Estado de São Paulo essas taxas são recolhidas por DARE ou pelo equivalente municipal. Há hipóteses de isenção, e nesses casos apresenta-se o comprovante de isenção no lugar do comprovante de pagamento. Os valores são definidos pela legislação estadual e municipal e mudam periodicamente.
Fontes oficiais desta resposta
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Portaria CVS nº 1, de 5 de janeiro de 2024 — Centro de Vigilância Sanitária – Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.
Disciplina, no âmbito do Sistema Estadual de Vigilância Sanitária (Sevisa), o licenciamento sanitário dos estabelecimentos de interesse da saúde e das fontes de radiação ionizante. Texto atualizado integralmente em 17/09/2024. Anexo I: atividades e classificação de risco; Anexo IV: relação de documentos.
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Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.