Nos Conselhos de Medicina, são duas modalidades distintas. Registro é para empresas, instituições, entidades ou estabelecimentos prestadores ou intermediadores de assistência à saúde com personalidade jurídica de direito privado. Cadastro é para estabelecimentos hospitalares e de saúde mantidos pela União, pelos estados e pelos municípios, bem como por suas autarquias e fundações públicas.
Escolher a modalidade errada faz o processo voltar.
Fontes oficiais desta resposta
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Resolução CFM nº 1.980/2011 — Conselho Federal de Medicina.
Disciplina a inscrição de pessoas jurídicas nos Conselhos Regionais de Medicina e a figura do diretor técnico médico.
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Vale para o seu caso?
Esta resposta explica a regra geral. Exigência sanitária depende do CNAE, do município e do que a clínica realmente faz — por isso a mesma pergunta pode ter respostas diferentes em duas cidades. Conte a sua situação e dizemos o que se aplica a você.